Die großen Brauchwasserspeicher in Ostsachsen - wie die Talsperren Bautzen und Quitzdorf - werden vom Betrieb Spree / Neiße mit Sitz in Bautzen bewirtschaftet. Dazu gehören auch bereits geflutete Tagebaurestseen bei Knappenrode und Lohsa. Schon heute bereitet sich der Betrieb auf die Übernahme von weiteren Tagebaurestseen vor, die im Lausitzer Seenland derzeit geflutet werden.
Rund ein Drittel der Gewässer 1. Ordnung im Freistaat Sachsen werden vom Betrieb Spree / Neiße betreut. An diesen befinden sich neben anderen wasserwirtschaftlichen Anlagen mehr als 100 Wehre. Um die Gewässerstruktur und die ökologische Durchgängigkeit zu verbessern, werden funktionsuntüchtige Wehre zurückgebaut und noch benötigte Wehre umgebaut.
Aber auch der Hochwasserschutz an den Gewässern des Freistaates liegt in Ostsachsen beim Betrieb Spree / Neiße. Im Jahr 2010 war diese Region gleich zweimal innerhalb weniger Wochen betroffen. Aber auch die anderen großen Hochwasser der letzten Jahre gingen nicht spurlos an Ostsachsen vorüber. In den vergangenen Jahren wurden in vielen Orten Deiche saniert und neue Hochwasserschutzanlagen gebaut.
Für den Hochwasserschutz ist im Betrieb Spree / Neiße der Betriebsteil Bau in Bautzen zuständig, die Gewässerunterhaltung führen die Gewässermeistereien durch. Um die Stauanlagen kümmert sich das Gewässermanagement von zwei Standorten aus. In Lohsa und Görlitz-Hagenwerder gibt es zudem zwei Hochwasserschutzlager, in denen für den Notfall Sandsäcke und andere Materialien eingelagert sind.